آزمایشگاه مدرسه ناصرنوین یکی از بخش‌های آموزشی مهم این مجموعه است که با تجهیزات علمی و امکانات مدرن، بستری مناسب برای یادگیری عملی دانش‌آموزان فراهم کرده است. در این بخش، دانش‌آموزان با انجام آزمایش‌های علمی در زمینه‌های فیزیک، شیمی و زیست‌شناسی، مفاهیم درسی را به‌صورت تجربی درک می‌کنند. هدف از راه‌اندازی این آزمایشگاه، ارتقای سطح علمی، تقویت مهارت‌های پژوهشی و ایجاد علاقه‌مندی بیشتر به علوم تجربی در میان دانش‌آموزان است.